Por un lado, respecto del prefijo "contra-", a continuación les presente la explicación de la RAE en http://lema.rae.es/dpd/?key=contra-:
contra-. Elemento compositivo prefijo que denota oposición o contraposición: contracultura, contraejemplo, contraespionaje; o superposición: contraventana, contrachapado. Unido a sustantivos que denotan rango o categoría, implica un rango o categoría inferior al designado por el sustantivo base: contralmirante, contramaestre. Como el resto de los elementos compositivos prefijos, debe escribirse unido sin guion a la palabra base; es, pues, incorrecto escribirlo separado o con guion intermedio: «Detener la contra reforma agraria» (Semana [Col.] 30.10-5.11.00); debió escribirse la contrarreforma.
Por el otro lado, según esa lógica, la palabra correcta es “contrarreforma”, con “rr” porque se duplica el fonema vibrante simple (ere) para transformarlo en fonema vibrante múltiple (erre).
Espero que esta breve explicación haya arrojado luz sobre esta duda. En el siguiente enlace, encontrará información sobre la preposición “contra-”: http://lema.rae.es/dpd/?key=contra.
